Les Zones d'intérêt écologique, faunistique et floristique sont des espaces naturels délimités du fait de la présence d'espèces et de milieux rares et souvent menacés à l'échelle nationale ou régionale.
En Languedoc-Roussillon, on compte 41 ZNIEFF où la Cistude d'Europe est présente.
Il existe également 9 ZNIEFF incluant l'Emyde lépreuse.
La localisation et la numérotation de ces ZNIEFF est visible sur la carte ci-dessous et la fiche descriptive de chacune est téléchargeable dans le tableau qui suit.
Carte des ZNIEFF régionales à tortues d'eau
| Numéro | Nom de la ZNIEFF | Cistude | Emyde | Fiche descriptive |
|---|---|---|---|---|
| 0000-1164 | Cours inférieur de l'Aude | oui | non | voir la fiche |
| 0000-2110 | Plaine de Saint-Chaptes | oui | non | voir la fiche |
| 0000-2112 | Plaines de Caissargues et Aubord | oui | non | voir la fiche |
| 0000-3050 | L'Orb entre Béziers et Valras | non | oui | voir la fiche |
| 0000-3100 | Vallée de l'Orb entre Hérépian et Colombière-sur-Orb | oui | non | voir la fiche |
| 0000-3101 | Vallée de l'Orb | oui | oui | voir la fiche |
| 0000-3177 | Vallée de la Mosson de Grabels à St-Jean-de-Védas | oui | non | voir la fiche |
| 0000-3181 | Vallée du Terrieu et domaine de Restinclières | oui | non | voir la fiche |
| 0000-3183 | Rivières du Lirou et du Lez | oui | non | voir la fiche |
| 1122-1124 | Moyenne vallée du Sou et de l’Orbieu | oui | non | voir la fiche |
| 1125-1041 | Garrigues de Marignan et Trou de la Rate Penade | oui | oui | voir la fiche |
| 1129-1030 | Marais de Saint Louis | oui | non | voir la fiche |
| 1130-1003 | Massif septentrional de la Clape | oui | non | voir la fiche |
| 3009-2062 | Ranc de Banes | oui | non | voir la fiche |
| 3014-2097 | Cours du Vidourle de Salinelles à Gallargues | oui | non | voir la fiche |
| 3018-2096 | Gardon d'Anduze et Gardon | oui | non | voir la fiche |
| 3018-2104 | Rivière du Gardon entre Moussac et Russan | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2002 | La Grande Palus et le Pattion | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2003 | Marais de Broussan et Grandes Palunettes | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2005 | Etangs du Charnier et du Scamandre | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2008 | Marais du Lairan | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2010 | Daladel et marais du Canavérier | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2015 | Salins d'Aigues-Mortes | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2016 | Plaine et marais du Vieux Vistre | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2017 | Marais de Mahistre et Madotte | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2018 | Marais du Bourgidou | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2020 | Marais de la Carbonnière et Musette | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2024 | Salins et marais de la Marette | oui | non | voir la fiche |
| 3025-2025 | Le Vidourle entre Port Vieil et Quincandon | oui | non | voir la fiche |
| 3409-3061 | Etangs de Capestang et de Poilhes | oui | non | voir la fiche |
| 3415-3140 | Plaine de l'Ardaillou | oui | non | voir la fiche |
| 3416-3040 | L'Hérault et le Canal du Midi à Agde | oui | non | voir la fiche |
| 3418-3150 | Rivière de l’Hérault de Gignac à Canet | oui | oui | voir la fiche |
| 3421-3039 | Etangs du Grand et du Petit Bagnas | oui | non | voir la fiche |
| 3432-3003 | Marais de Tartuguière et du Grès | oui | non | voir la fiche |
| 3432-3005 | Marais de Cros Martin et de Fanguière | oui | non | voir la fiche |
| 3432-3008 | Pointe du Salaison et baie de la Capoulière | oui | non | voir la fiche |
| 3432-3009 | Marais Despous | oui | non | voir la fiche |
| 3432-3010 | Marais de la Castillone | oui | non | voir la fiche |
| 3432-3027 | Marais de la Grande Palude | oui | non | voir la fiche |
| 6617-5106 | Vallée du Tech de Céret à Ortaffa | non | oui | voir la fiche |
| 6621-1022 | Mares de Port-Leucate | oui | non | voir la fiche |
| 6621-5025 | La Corrège et les Dosses | oui | non | voir la fiche |
| 6621-5033 | Marais du Mas Tamarit | non | oui | voir la fiche |
| 6622-5109 | Ravin de la Massane | non | oui | voir la fiche |
| 6623-5003 | Vallons de Cerbère | non | oui | voir la fiche |
| 6623-5007 | Oueds de la Baillaury et de ses affluents | non | oui | voir la fiche |